Функциональная структура эпидемического процесса как целой системы представляет собой характеристику взаимодействий как на каждом уровне его организованности (от молекулярного до соцэкосистемного), так и этих уровней между собой. В соответствии с основными принципами системного подхода только характеристика системы как целого отражает ее сущность. Целостность характеризует взаимосвязь элементов системы, при которой изменение одного из них вызывает изменения в остальных и в системе в целом.
Поскольку целостная система состоит из совокупности компонентов (подсистем, элементов), ее следует рассматривать как единство двух противоположностей — целостности и разобщенности. Эпидемический процесс также характеризуется диалектическим единством противоположностей: он дискретен, поскольку состоит из различных систем, и в то же время целостен, поскольку функционирует как единое целое. В связи с тем что система каждого предыдущего уровня эпидемического процесса входит в состав последующего в качестве подсистемы и является органической частью всех прочих вышестоящих уровней, то между всеми уровнями существует тесная взаимосвязь, что и определяет целостность эпидемического процесса как интегральной системы. Поэтому универсальная социально-экологическая концепция учитывает взаимосвязанность, взаимозависимость и взаимообусловленность процессов, происходящих на каждом и на всех вместе взятых уровнях системы эпидемического процесса. Переход к анализу каждого последующего уровня означает поднятие на новую, более высокую ступень познания его общих закономерностей.
